O Premio Pontenciencia organízase para pór en valor e visibilizar os proxectos de investigación presentados a Pontenciencia. Poderán participar no premio as dúas categorías:
- Premio Pontenciencia, Ciencia no Cole.
- Premio Pontenciencia, Ciencia en Familia
- Premios de investigación. Homenaxe á muller investigadora.
Nas bases de participación en Pontenciencia aparecen as características que se valorará o xurado, como a orixinalidade do proxecto, a metodoloxía realizada, a presentación de resultados, o informe, a presentación na caseta expositora etc.
Os proxectos premiados polo xurado recibirán cheques regalo en material escolar para a categoría de Ciencia no Cole e outros cheques regalo para a categoría de Ciencia en Familia.